Free State of Jones racconta gli straordinari eventi di un piccolo episodio della Storia Americana. Protagonista della vicenda è Newt Knight, un coraggioso contadino del Mississipi, figura guida di un'improbabile banda di contadini bianchi poveri e schiavi fuggiaschi che danno vita a una storica rivolta armata contro la Confederazione nel periodo culmine della Guerra Civile. Affianca e completa la narrazione, attraverso l'uso di flash-forwards intermittenti, il processo del 1948 dello Stato del Mississipi contro Davis Knight, imputato chiave in un processo, unico per l'epoca, sul matrimonio misto, e pronipote di Newt Knight e della sua compagna di vita, una contadina schiava di nome Rachel. I coraggiosi seguaci di Knight presero le armi contro la Confederazione formando un indomito reggimento ribelle tra le paludi impenetrabili del profondo Mississipi, riuscendo a strappare numerosi vantaggi tattici nonostante l'esercito fosse più numeroso e meglio armato. Knight ne fu il visionario leader, strenue oppositore dello sfruttamento e del pregiudizio e fondatore della prima comunità mista della regione; una figura influente molto a lungo dopo la guerra, alternativamente celebrata o vilipesa.