Grazie ad una tecnologia rivoluzionaria in grado di sbloccare i ricordi genetici, Callum Lynch sperimenta le avventure di Aguilar, suo antenato della Spagna del XV secolo, scoprendo così di discendere da una misteriosa società segreta, gli Assassini. Accumulando conoscenze ed incredibili abilità, Callum sarà in grado di sfidare una potente e crudele organizzazione Templare dei giorni nostri.